Preso no topo de uma enorme torre, um garoto é punido por um misterioso homem de armaduras negras e tem sua sombra separada do corpo. O protagonista de "Lost in Shadow" é exatamente essa sombra, que precisa subir toda a torre para se unir novamente ao seu corpo.

"Lost in Shadow" possui jogabilidade clássica dos jogos de plataforma em 2D, só que com cenários em 3D. A sombra só pode caminhar e agir nas sombras de outros objetos. Isso significa que ela não anda sobre plataformas reais, e sim sobre suas sombras. Também não é possível transpassar nenhum objeto. As regras de física válidas para o mundo real, também valem para as penumbras

Com isso em mente, o jogador precisa prosseguir nas mais de 50 fases interagindo com o cenário e resolvendo pequenos quebra-cabeças. O controle da sombra é feito pela alavanca analógica do Nunchuk, enquanto o Wii Remote controla uma fada, representada como uma retícula na tela que interage com as plataformas.

É possível, então, mover uma pilastra de um lado para o outro, por exemplo, para alterar sua sombra e conseguir atravessar. Em outros momentos, a manipulação de pontos de luz também é necessária para modificar os cenários.

"Lost in Shadow" conta com cenários industriais e localidades antigas, além de objetos colecionáveis e adversários que podem ser derrotados com espadadas deferidas ao apertão o botão B do Wii Remote.